Časté střídání různých teplot, neodborné zacházení s klimatizací ať už doma, na pracovišti, nebo v autě a zanedbávání její pravidelné údržby může nakonec vést až k závažným zdravotním problémům.

Ne všechny klimatizační systémy mají filtr. Některé vzduch pouze ochlazují a jiné, dokonalejší, mění kvalitu vzduchu ionizací, regulují teplotu a vlhkost vzduchu a zároveň jej čistí. Klimatizace má jednoznačně výhody v tom, že si s její pomocí umíme upravit zejména teplotu a vlhkost vzduchu. A právě zde vznikají první problémy s jejím využíváním, zejména na pracovišti, ale i v domácím prostředí, protože každý má rozdílné potřeby - teplota příjemná jednomu může být pro jiného nevyhovující a může mu způsobovat zdravotní problémy.

 Problémy může vyvolat nevhodně umístěna klimatizace tím, že chlazení nesměřuje do prostoru, ale na tělo člověka, nebo způsobuje průvan, případně je nastaven příliš vysoký rozdíl teplot mezi vnějším a vnitřním prostředím. Nezanedbatelná není ani hladina hluku, kterou může nevhodně umístěná klimatizační jednotka neúměrně zvyšovat. Za mimořádně důležité pak považují odborníci udržování čistoty v klimatizačních zařízeních. Jinak se stávají zásobárnou prachu, plísní, alergenů a různých mikroorganismů, které se dostávají do ovzduší a mohou tak způsobovat nejrůznější zdravotní problémy.

Aby klimatizace fungovala efektivně a komfortně, musí se vnější vzduch nasávat z míst chráněných před znečištěním a před ohřevem přímým slunečním zářením. A vzduchové filtry je nutné kontrolovat minimálně jednou za rok, spíše však častěji. V prostorách s celoročním nebo intenzivním používáním klimatizačních zařízení se doporučuje kontrola až čtyřikrát ročně. Zanedbání údržby může reálně poškodit zdraví osob v klimatizované místnosti.

Prvními příznaky mohou být virové nebo bakteriální infekce horních a dolních cest dýchacích. Zdravotní komplikace nezpůsobuje jen neudržovaná, ale také nevhodně využívaná a nastavená klimatizace. Při nesprávném nastavení  a zanedbané údržbě hrozí, mimo již zmíněných onemocnění dýchacích cest i otoky sliznic nosu, záněty dutin, onemocnění hlasivek a astmatické záchvaty. Zhoršit se může i stav osob s onemocněními srdce a lidí s chladovými alergiemi. Klimatizace ovlivňuje i pohybovou soustavu a svalstvo, které se může podchladit a tím mohou vznikat bolesti kloubů, bolesti a blokace páteře" apod. Značným nebezpečím jsou i patogenní bakterie a různé spory, které přežívají i v celém systému klimatizace a proud vzduchu je roznáší po místnosti.

Odborníci doporučují, aby teplotní rozdíl mezi venkovní a vnitřní teplotou nebyl větší než 10 stupňů, aby lidé dodržovali pitný režim a před odchodem z klimatizované budovy do horka doporučují alespoň krátkou aklimatizaci v teplejším vestibulu. Na škodu není mít v klimatizované budově přichystané i teplejší oblečení, např. svetr či ponožky. A ani v klimatizovaných místnostech by se nemělo zapomínat alespoň  2x denně vyvětrat.