Kriticky hodnotí Nejvyšší kontrolní úřad (NKÚ) český daňový systém. Ve své zprávě shrnuje  výsledky svých kontrol za roky 2014 až 2017 a poukazuje i na mezinárodním srovnání silné a slabé stránky českého daňového systému. NKÚ upozorňuje na to, že ačkoliv se výběr daní zlepšil, narůstají daňovým subjektům povinnosti, administrativní náročnost se zvyšuje také u správy daní a s ní rostou i náklady na tuto správu. Daňová struktura v ČR je navíc stále složitá. Problémem je i silná závislost příjmů státu na ekonomickém růstu a velké daňové zatížení práce.

Mezi lety 2014 až 2017 vzrostlo inkaso daní včetně cla a pojistného o 22 %. V roce 2017 šlo o 1 428,3 miliardy korun. „Příčinou vyššího inkasa daní je zejména silný ekonomický růst, růst mezd a s tím související i vyšší spotřeba obyvatelstva. Nejvíc se tak zvýšilo inkaso u daní ze spotřeby a u daní z příjmů," uvádí NKÚ. Do budoucna je ale závislost příjmů státního rozpočtu na ekonomickém růstu a na plné zaměstnanosti problémem pro jeho udržitelnost. "Vysokou úroveň zdanění práce, která je v ČR 43,4 % a převyšuje průměr EU, kritizují i orgány EU," poukazují inspektoři s tím, že možností je přesunout daňovou zátěž například na daně z nemovitostí nebo ekologické daně, které budou méně omezovat růst.

Menší vliv na zvýšení příjmů z daní měly zavedení kontrolního hlášení či EET, konkrétní přínos však zatím nebyl přesně vyčíslen. Tato opatření měla pozitivní dopad na dodržování předpisů a na plnění daňových povinností. Výpadek z příjmů z DPH se snížil z 20 % v roce 2012 na 14 % v roce 2016. Zároveň ale tato opatření zvýšila administrativní zátěž poplatníků, která je vysoká. Plnění daňových povinností trvalo poplatníkům v ČR v roce 2017 celých 230 hodin, průměr EU a Evropského sdružení volného obchodu je přitom 161 hodin. "Růst administrativní náročnosti spojené s daňovými povinnostmi v ČR kritizují i mezinárodní instituce jako Evropská komise nebo OECD," upozorňují inspektoři.

V ČR se stále nepodařilo prosadit změny, které by daňový systém zjednodušily a snížily administrativní zátěž. „Například jen zákon o daních z příjmů byl 160krát novelizován. Časté změny přispívají k tomu, že systém je nepřehledný a nepředvídatelný a právě nepřehlednost systému je jednou z příčin daňových úniků," vyplývá z výsledků šetření.

Vysoká administrativní náročnost je problémem nejen pro daňové poplatníky, ale i pro samotnou správu daní. I tady rostou náklady a efektivita se nezlepšuje. Výdaje na správu daní a pojistného v roce 2017 vzrostly oproti roku 2014 o 5,7 miliardy. Celkem tvořily v roce 2017 výdaje na správu daní 23,2 miliardy korun a největší podíl, 11,8 miliardy korun, představovaly daně spravované finanční správou. Většina personálních kapacit finanční správy je potřeba na zpracování daňových přiznání a vyměřování daní. Pro administraci daňových povinností navíc finanční správa používá jeden z nejzastaralejších informačních systémů, za jehož provoz a rozšíření v letech 2011 až 2017 zaplatila 428 milionů korun.

Snižování administrativní náročnosti u daní nepomohla ani dílčí opatření k jejich větší elektronizaci. I když se od roku 2015 využití služeb elektronické veřejné správy v ČR zvýšilo, stále je jedno z nejnižších v rámci EU. Zásadní systémové opatření v podobě nového informačního systému pro správu daní v rámci projektu Jednoho inkasního místa (JIM) se neuskutečnilo. Kontrola projektu JIM přitom ukázala, že stát na něj vydal přes 3,5 miliardy korun.