Kořenové (vegetační) čističky odpadních vod fungují na stejných principech jako přirozené mokřady, kde probíhají samočistící procesy. Základním principem kořenové čističky je průtok předčištěné odpadní vody kořenovým filtrem. Kořenový filtr je naplněn jemnými kamínky, na jejichž povrchu sídlí bakterie, které zajišťují čisticí proces. Rostliny vysázené na kořenovém filtru mají doplňkovou funkci - částečně odsávají živiny, dodávají kyslík, na jejich kořenech sídlí bakterie a v zimě působí jako tepelná izolace.

Čištění vody

Pro čištění vody využíváme  v současné době vertikální pulzně skrápěné filtry, které se v současné době hojně využívají mimo jiné v Rakousku a Německu.
Předčištěná voda nejprve vtéká do pulzní šachty, kde se postupně shromažďuje a když se šachta zaplní, je vypuštěna na kořenový filtr. Na povrchu filtru je umístěno rozvodné potrubí s mnoha otvory. Díky většímu množství najednou vypuštěné vody a tomuto rozvodnému potrubí, dojde k rovnoměrnému rozdělení vody po povrchu filtru.
Voda poté protéká souvrstvím jemného štěrku a písku a zbavuje se nečistot. Pro zvýšení účinnosti je možné vodu vertikálním filtrem několikrát recirkulovat.

Cesta k čistírně

Pokud si budete chtít u svého rodinného domu nebo chalupy zřídit kořenovou čističku, tak postupujete stejnou cestou, jako u mechanicko-biologické čističky, tedy musíte mít nejprve projekt. Projekt, který vám vypracuje autorizovaný projektant vodohospodářských staveb, pak odnesete na úřad. Celý proces ve většině případů začíná územním řízením, následuje vodoprávní řízení, které obvykle končí stavebním povolením. Schvalování trvá asi tři měsíce. 

Omezující faktory

Kořenovou čistírnu můžete zřídit takřka na každém pozemku, jediné omezení je prostor a spád pozemku. Ohledně prostoru počítejte s 5 m2 plochy na jednoho obyvatele, nedostatečný spád se dá řešit přečerpáváním (podobně jako u klasické čističky). Není-li v blízkosti čističky vodoteč, je tu další možnost - vyčištěnou vodu necháte zasakovat do terénu. K tomu ovšem musíte mít hydrogeologický posudek. Zde musíte také dododržet odstupovou vzdálenost od studny, která musí být větší než 12 metrů.

Kořenovka od A do Z

Podívejme se na vznik kořenové čistírny ze stavebního hlediska. Máte-li projekt a stavební povolení, je třeba povolat na zahradu firmu, která se stavbou „kořenovek" zabývá. Nejdříve se provedou výkopové práce, zahrnující bagrování otvoru pro septik, vany pro kořenové pole a potrubí. Regulační šachta a vnitřek otvoru pro septik se musí podbetonovat, teprve potom se septik a regulační šachta usadí. Pak se natáhnou trubky, položí se geotetextilie, izolační fólie a zase geotextilie a na začátek a na konec kořenového pole se položí vrstva hrubšího štěrku, který bude sloužit k rozdělování toku vody. Potom se usadí sběrné a rozdělovací potrubí a vytvoří se prostupy pro trubky v izolačních fóliích.
Tato fáze stavby je zakončena propojením všech potrubí a jejich připojením na regulační šachtu a zásak. Pak se do kořenového pole naveze kačírek a napustí se čistou vodou. Ideální je, když např. přijedou hasiči a systém je hned napuštěn. Následuje sázení rostlin do kořenového pole,  napuštění čisté vody do septiku a čističku můžete začít provozovat.